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紅豆杉是喬木，高達30米，胸徑達60-100厘米；樹皮灰褐色、紅褐色或暗褐色，裂成條片脫落；大枝開展，一年生枝綠色或淡黃綠色，秋季變成綠黃色或淡紅褐色，二、三年生枝黃褐色、淡紅褐色或灰褐色；冬芽黃褐色、淡褐色或紅褐色，有光澤，芽鱗三角狀卵形，背部無脊或有縱脊，脫落或少數(shù)宿存于小枝的基部。
葉排列成兩列，條形，微彎或較直，長1-3（多為1.5-2.2）厘米，寬2-4（多為3）毫米，上部微漸窄，先端常微急尖，稀急尖或漸尖，上面深綠色，有光澤，下面淡黃綠色，有兩條氣孔帶，中脈帶上有密生均勻而微小的圓形角質(zhì)乳頭狀突起點，常與氣孔帶同色，稀色較淺。雄球花淡黃色，雄蕊8-14枚，花藥4-8（多為5-6）。種子生于杯狀紅色肉質(zhì)的假種皮中，間或生于近膜質(zhì)盤狀的種托（即未發(fā)育成肉質(zhì)假種皮的珠托）之上，常呈卵圓形，上部漸窄，稀倒卵狀，長5-7毫米，徑3.5-5毫米，微扁或圓，上部常具二鈍棱脊，稀上部三角狀具三條鈍脊，先端有突起的短鈍尖頭，種臍近圓形或寬橢圓形，稀三角狀圓形。
