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1、一是矮化砧木的矮化性越強(qiáng)，樹勢越弱，壽命越短。尤其在土壤瘠薄和干旱地區(qū)表現(xiàn)更為明顯。因此我們建議大水大肥，土壤肥沃地區(qū)選擇種植。
2、二是由于矮化砧木根系淺，抗倒伏能力差，中央干不好培養(yǎng)，且對風(fēng)等自然災(zāi)害抵抗力弱，需要設(shè)立支柱。
3、三是矮化砧木育苗繁殖比喬化砧較困難，繁殖中間砧苗木，需要2次嫁接，繁殖自根砧苗木，生根比較困難。這也是矮化苗木價格高于喬化苗木的原因。
4、四是矮化密植栽培建園成本較高，一般矮化蘋果苗價較高，栽植密度大，在許多地區(qū)，還需要設(shè)立支柱，防止倒伏。然而，矮化砧木這些缺點大都是可以通過加強(qiáng)管理和運(yùn)用科技成果加以克服的。如矮砧根系淺，固地性和適應(yīng)性差的問題，可采取矮化中間砧嫁接和選育適應(yīng)性強(qiáng)的矮砧等辦法來解決。 
